软件著作权和专利都是知识产权的一部分，保护方向和侧重点是不一样的。软件申请了软件著作权登记证书之后是可以再申请专利证书的，但是您的软件能不能、值不值得申请专利就是另外一个层面需要考虑的问题。
根据《计算机软件保护条例(2001)》第六条“本条例对软件著作权的保护不延及开发软件所用的思想、处理过程、操作方法或者数学概念等”可知著作权只是保护该软件代码的书写方式，并不保护思想。专利特别是发明专利是可以保护思想的。如果贵公司的软件涉及比较前沿的算法等，则可以也值得申请发明专利给予保护。
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